Деятельность Центра строится в соответствии с Программой — комплексным документом, утверждённым ректором МГУ Виктором Антоновичем Садовничим.

Основные задачи Центра группируются вокруг четырёх направлений:

• реализация ключевых комплексных научно-исследовательских и опытно-конструкторских проектов;
• обеспечение правовой охраны, управления правами и защиты как полученных Центром РИД, так и РИД, переданных ему в управление;
• разработка и реализация основных образовательных программ высшего образования, направленных на формирование компетенций в области квантовых технологий;
• развитие инфраструктуры научной, научно-технической и инновационной деятельности.

Стратегические цели реализации программы Центра основаны на трёх китах:

• В научно-техническом направлении: преодоление технологических разрывов в области квантовых технологий – между научными разработками в области среднемасштабных квантовых компьютеров и созданием соответствующей элементной базы;
• В коммерческом направлении: вывод на глобальный рынок двух типов продуктов:
  1. шифраторов на основе квантового распределения ключей – для использования в магистральных оптоволоконных линиях связи (между ЦОДами);
  2. среднемасштабных квантовых компьютеров на основе нейтральных атомов и фотонных чипов с возможностью удалённого сетевого доступа для решения тестовых задач, базирующихся на квантовых алгоритмах;
• В образовательном направлении:
  1. запуск трёх образовательных программ, ориентированных на подготовку специалистов широкого профиля в области прикладных квантовых технологий («Квантовая криптография и квантовая связь»; «Квантовые вычисления» и «Квантовые оптические технологии»);
  2. запуcк системы дополнительного образования для повышения квалификации работников технологических предприятий, заинтересованных во внедрении квантовых технологий;
  3. запуск системы онлайн-образования по квантовым технологиям для максимально широкого круга слушателей.